Theo NAFIQAD, để đạt được hiệu quả cần xác định được đối tượng trọng tâm để tiến hành kiểm tra một cách có hệ thống. NAFIQAD cũng kiến nghị cần giảm bớt sự chồng chéo giữa các Bộ, ngành trong công tác quản lý chất lượng an toàn thực phẩm; đối với một đối tượng sản xuất, kinh doanh chỉ cần chịu quản lý của một cơ quan chức năng.

Hiện giữa các Bộ vẫn còn chồng chéo trong một số khâu như kiểm tra, chứng nhận cơ sở chế biến thực phẩm nguy cơ cao; kiểm soát thực phẩm nhập khẩu... Trong khi đó, việc kiểm tra ATVSTP đối với rau, quả, thịt tươi sống ngoại nhập được đánh giá là rất khó khăn do đặc tính dễ hỏng của sản phẩm, cũng như cơ sở vật chất ở cửa khẩu còn hạn chế, khó kiểm soát được tình trạng nhập khẩu qua đường tiểu ngạch.

Kết quả điều tra mới đây của Cục Chăn nuôi cho thấy, đến nay, vẫn còn 55% số lượng các cơ sở giết mổ hoạt động chui, chưa được cấp phép. hơn 16.000 cơ sở giết mổ nhỏ lẻ không đảm bảo ATVSTP. Chính vì vậy, mới có 58% lượng gia súc, gia cầm giết mổ được kiểm soát.

Trong khi đó, kết quả giám sát của NAFIQAD trong 6 tháng đầu năm 2009 vẫn còn một lượng nhỏ thịt lợn, gà, vịt có dư lượng kháng sinh vượt ngưỡng cho phép. Đối với 39 mẫu rau tại các chợ trên địa bàn Hà Nội, phát hiện 4 mẫu có dư lượng thuốc bảo vệ thực vật vượt mức cho phép.

Bộ trưởng Cao Đức Phát cho rằng, cần xác định được trọng tâm kiểm tra và đối tượng kiểm tra mới có thể xử lý tận gốc được vấn đề, còn những giải pháp đưa ra và thực hiện thời gian qua chưa có tính hệ thống và chưa thấy lời giải thích đáng cho vấn đề kiểm soát VSATTP.

Chính vì vậy, trong thời gian chờ ban hành Luật An toàn thực phẩm, NAFIQAD đã kiến nghị Bộ NN&PTNT báo cáo Chính phủ điều chỉnh, làm rõ một số nội dung phân công cho các Bộ nay còn chồng chéo (trong kiểm tra, chứng nhận cơ sở chế biến thực phẩm nguy cơ cao; trong kiểm soát thực phẩm nhập khẩu).