Vi khuẩn là tác nhân thường xuyên có mặt trong ao nuôi, cũng có thể gây nhiều bệnh nguy hiểm khác nhau cho các giai đoạn phát triển của tôm. Một số bệnh do vi khuẩn gây ra ở tôm nuôi như: bệnh đứt râu, bệnh cụt đuôi, hoại chi; bệnh đốm đen, đốm nâu, bệnh phát sáng, bệnh vi khuẩn dạng sợi...